محمد كاظم شاكر از سال 1375 تاكنون به عنوان عضو هیئت علمی دانشگاه قم در گروه آموزشی علوم قرآن و حدیث مشغول خدمت است. در این سال‌ها در مسئولیت‌های مدیریت تحصیلات تكمیلی، مدیریت گروه علوم قرآن و حدیث‌ و مدیر مسئولی و سردبیری مجله پژوهش‌های علوم انسانی دانشگاه قم خدمت كرده‌ است. در فاصله سال‌های 1377 تا 1380 معاون آموزشی و دانشجویی دانشكده غیر انتفاعی اصول الدین با ریاست علامه سید مرتضی عسكری بوده است. در سال 1381 به عنوان فرصت مطالعاتی به دانشگاه ولز در كشور بریتانیا سفر كرد كه به مدت نزدیك به یك سال در آنجا در باره «روش شناسی تفسیر قرآن و كتاب مقدس» به پژوهش پرداخت. در تابستان 1384 نیز به دعوت دانشگاه تورنتو به ادامه تحقیق در همین موضوع پرداخت. از ایشان تاكنون ده‌ها جلد كتاب و مقاله علمی منتشر شده است. وی در كنفرانس‌های بین‌المللی متعددی در كشورهای انگلستان، كانادا و مالزی شركت داشته و به ارائه مقاله پرداخته است. وی همچنین هم اكنون مدیرگروه تفسیر اثری و گروه مدرسی معارف اسلامی با گرایش قرآن و متون اسلامی در دانشكده علوم حدیث است. «فقر و غنا در قرآن و حدیث، قواعد وقف ابتدا در قرائت قرآن، روش‌های تأویل قرآن، مبانی و روش‌های تفسیری، آسیب‌شناسی جریان‌های تفسیری، هفده گفتار علوم قرآنی» از جمله كتاب‌های تألیف شده او است.



برنامه «كلماتی كه بوی تازگی می دهند» كاری از گروه تاریخ و اندیشه رادیو فرهنگ است كه از شنبه تا چهارشنبه ساعت 21:30 پخش می شود.