وجه فلسفی و چهره فیلسوف متفكر علامه جعفری در ورای آثارش هویداست.
منوچهر صدوقی سها، فیلسوف، عرفان پژوه و حقوقدانان در برنامه "آیین سپاس" رادیو فرهنگ گفت: در باب «علامه جعفری» همچون بسیاری از بزرگان، افراط و تفریط هایی مطرح است، كه مطالعه و غور در آثار ایشان، وجه فلسفی و چهره فیلسوفِ متفكر ایشان را هویدا می سازد.
وی همچنین در پاسخ به كسانی كه در خصوص ایشان دچار تفریط هستند گفت: ایشان به‌عنوان فیلسوف، دو شخصیت "آقای جعفری تهران" و "آقای جعفری نجف" را دارند، كه آثار "جعفری تهران" غالباً سخنرانی و در حد و فراخور مخاطبان (غالباً دانشجویان) است و چندان ملاك شناخت ایشان نیست و "جعفری نجف"، معیار بهتری برای شناخت ایشان است.
وی همچنین با اشاره به برخی آثار فیلسوف جعفری گفت: كتاب «ارتباط انسان و جهان» ایشان از نظر قلم و محتوا، كتاب ارزشمندی است كه در ورای آن یك فیلسوف و متفكر به معنای واقعی ظهور می‌كند و همچنین كتاب «نهایت الادراك الواقعی بین...» كه در ورای عبارات ثقیل اش، چهره متفكری اصیل آشكار می‌شود و كتاب «مبدا اعلا» حاوی مطالبی است كه می‌تواند نویسنده كتاب را به‌عنوان فیلسوف معرفی كند.
حجت الاسلام دكتر سید سلمان صفوی، رئیس آكادمی مطالعات ایرانی لندن، هم در این برنامه رویكرد كلی نگر و نیز تطبیقی را ویژگی اصلی كتاب «شرح مثنوی معنویِ » فیلسوف جعفری عنوان كرد و گفت: علامه جعفری كوشیده است تعالیم "مثنوی معنوی" را در گفتمان ادبیات امروز جهان قرار دهد، و اشاره به آثار داستایوفسكی، تولستوی و شكسپیر و برخی آرای دانشمندان علوم فیزیك و ریاضی همچون انیشتین و همچنین به كارگیری روش مطالعات تطبیقی، اسباب جذابیت بیشتر ایشان برای جوانان و دانشجویان شده است.
وی همچنین «تاكید بر انسجام مثنوی معنوی» را ویژگی دیگر كتاب «شرح مثنوی معنوی»عنوان كرد و گفت: برخلاف دیدگاه برخی اندیشمندان و مستشرقین همچون "ادوارد براون" مبنی بر "فاقد انسجام و انتظام بودن مثنوی" ، علامه جعفری نشان داد "مثنوی معنوی" علی رغم پراكندگی ظاهری در یك انسجام معنایی با همند.
وی در پایان با اشاره به موضع منفی برخی حوزویان در خصوص مثنوی و عرفان گفت: علامه جعفری با شخصیت برجسته حوزوی خود و با ارائه یك تفسیر معتدل از عرفان اصیل اسلامی در "مثنوی معنوی" نقش مهمی در شناساندن "مثنوی معنوی" به جامعه حوزوی و مذهبی داشت.
